חרף ההתחזקות של ההבנה שאוכלוסיות חיידקים בגוף האדם קשורות למצב הבריאותי, לא קיימת הבנה מלאה של האינטראקציה הסביבתית והמולקולרית אשר מעצבת את הרכב האוכלוסיות הללו. למרות שגורמים גנטיים של האדם הינם בעלי תפקיד מרכזי באינטראקציות הללו, אותם גורמים לא נחקרו דיים לאור הצורך במחקרי עוקבה עם אוכלוסיה גדולה אשר נעשה בה אפיון גנוטיפי ואפיון מיקרוביום.

לטובת המחקר בוצע ריצוף גנטי מלא של 298 דגימות מתוך מחקר העוקבה של המיקרוביום האנושי (HMP) על מנת לצרף מאפיינים עמוקים קיימים בנוגע למיקרוביום שלהם במגוון אתרים בגוף. אנליזה זו הניבה עומק ריצוף ממוצע של 32x, שבאמצעותה זוהו 27 מיליון וריאנטים של נוקלאוטידים ו-2.3 מיליון מוטציות מסוג החדרה-השמטה.

החוקרים מצאו כי יש הבדל מובהק בהרכב הטקסונומי ובפוטנציאל התפקודי של המיקרוביום בהקשר של מרכיבים גנטיים מרכזיים בין צינור מערכת העיכול וחלל הפה, אך לא בנחיריים או במיקרוביוטה הואגינלית. הממצאים כללו קשר מוכר בין סטטוס הפרשת 2 FUT, כמו גם וריאנט היוצר רגישות ללקטוז ליד הגן LCT כאשר קיים שפע של Bifidobacterium longum בצואה. הקשר בין מאפיינים חיידקיים לבין תכונות גנטיות ווריאנטים בודדים היה ספציפי לאתרים מסוימים בגוף, ממצא המדגיש את ההזדמנות למצוא מנגנונים גנטיים ייחודיים ששולטים במאפייני המיקרוביום באוכלוסיות החיידקים במספר אתרים בגוף.

מסקנת החוקרים היא כי המחקר הנוכחי מוסיף עומק לריצוף הגנטי של המיקרוביום של המארח שכבר קיים במחקר העוקבה HMP. ממצאים אלה מהווים מקור מידע ייחודי, מגוון ומבוקר היטב לשימוש במחקרים עתידיים אשר יעסקו בניסיון לזהות מודולטורים של המארח במיקרוביום.

מקור: 

kolde, R. et al (2018) genome medicine 10,6

נושאים קשורים:  מחקרים,  פרויקט המיקרוביום האנושי,  מיקרוביום וגנטיקה אנושית,  ריצוף הגנום האנושי,  ריצוף מטגונמי של המיקרוביום,  מחקרים שיתופיים